Trả lời: Tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính (sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC) quy định:
“Điều 6. Các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
1. Trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:
a) Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
b) Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.
c) Khoản chi nếu có hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT)) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế GTGT.
2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:
2.30. Các khoản chi không tương ứng với doanh thu tính thuế, trừ các khoản chi...
....2.36. Các khoản tiền phạt về vi phạm hành chính bao gồm: vi phạm luật giao thông, vi phạm chế độ đăng ký kinh doanh, vi phạm chế độ kế toán thống kê, vi phạm pháp luật về thuế bao gồm cả tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các khoản phạt về vi phạm hành chính khác theo quy định của pháp luật".
Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp các khoản phạt hợp đồng thi công như phạt tiến độ thi công, phạt an toàn vệ sinh, phạt thất thoát vật tư thi công liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định, không thuộc các khoản tiền phạt về vi phạm hành chính theo quy định tại điểm 2.36 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số
96/2015/TT-BTC) thì các khoản tiền phạt hợp đồng thi công được tính vào chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế TNDN.
Đề nghị công ty căn cứ các quy định nêu trên và hồ sơ chứng từ liên quan, liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn thực hiện đúng quy định.